Stabilność rozwiązań równania Mathieu jest kluczowa dla działania pułapki. Teoria Floqueta pozwala nam przedstawić rozwiązania w postaci:
\[
u(\tau) = e^{\mu\tau}\sum_{n=-\infty}^{\infty} c_n e^{2in\tau},
\]
gdzie \(\mu\) jest wykładnikiem charakterystycznym. Stabilność występuje, gdy \(\mu\) jest czysto urojone — wtedy pierwszy czynnik oscyluje zamiast rosnąć wykładniczo.
Pierwszy obszar stabilności, najczęściej wykorzystywany w praktyce, jest określony warunkami:
\[
0 < p < 0{,}908, \quad |a| < 0{,}237.
\]
Te pozornie arbitralne liczby wynikają z matematycznych właściwości równań Mathieu. Wewnątrz tego obszaru ruch jonu jest stabilny i ograniczony.
W obszarze stabilności ruch jonu ma charakterystyczną strukturę. Składa się on z dwóch komponentów: ruchu sekularnego o częstości \(\omega_{\text{sec}} = \beta\Omega/2\), gdzie \(\beta \approx \sqrt{a + p^2/2}\) dla małych wartości parametrów. Jest to powolna oscylacja wokół centrum pułapki, analogiczna do ruchu w statycznym potencjale harmonicznym. Drugim składnikiem jest mikroruch o częstości pola napędzającego \(\Omega\) i amplitudzie proporcjonalnej do parametru \(p\). Ten szybki ruch jest bezpośrednią odpowiedzią na oscylujące pole RF.
Mikroruch jest często niepożądany, ponieważ prowadzi do dodatkowego ogrzewania i może komplikować operacje kwantowe. Dlatego w praktyce dąży się do minimalizacji mikroruchu poprzez dokładne centrowanie jonów w pułapce i kompensację pól rozproszonych.
\(\)