Wybór optymalnej konstrukcji pułapki zależy od konkretnego zastosowania i priorytetów eksperymentu.
Dla zastosowań w metrologii, gdzie liczy się najwyższa precyzja i stabilność, pułapki trójwymiarowe pozostają złotym standardem. Ich symetryczna geometria minimalizuje systematyczne błędy i zapewnia najbardziej stabilne środowisko dla jonu. Typowy rozmiar charakterystyczny wynosi około 1 mm.
W obliczeniach kwantowych kluczowa jest skalowalność i możliwość wykonywania operacji na wielu kubitach. Tu dominują pułapki powierzchniowe z elektrodami o rozmiarach rzędu 100 μm. Planarna geometria umożliwia tworzenie złożonych układów elektrod do transportu i manipulacji jonami.
Symulatory kwantowe, modelujące układy wielu ciał, wymagają dobrego dostępu optycznego do wszystkich jonów. Pułapki liniowe o charakterystycznym rozmiarze 0.5 mm oferują optymalny kompromis między dostępem optycznym a kontrolą nad jonami.
Dla sensorów kwantowych, gdzie czułość jest najważniejsza, stosuje się typowo miniaturowe pułapki o rozmiarach rzędu 0.1 mm. Mniejszy rozmiar prowadzi do silniejszego sprzężenia z mierzonymi polami, zwiększając czułość.